Nie do końca jest to tematyka szkolna gdyż bohaterowie w tym wieku są tylko w dwóch pierwszych odcinkach. Co do wspomnianego przez Ciebie sezonu 2 - jest to alternatywny przebieg wydarzeń z tego co mi wiadomo (co by nie zdradzać za dużo).
A co do samego anime to należy ono do jednych z moich ulubionych - jeśli szukasz dobrego romansu/dramy to jest to KGNE jest idealnym wyborem.
A poza tym to sam nie wiem czy jest coś takiego jak poważne anime szkolne. Ja mogę polecić wspomniane Full Metal Panic - czasem komedia szkolna, czasem poważniejsza historia związana z militariami i konfliktami. Pierwsze FMP to typowa mieszanka, Fumoffu jest komedią w 100% (za to genialną) a The Second Raid już w pełni poważnym anime (komedii tam mało).
Na upartego Air - bohaterowie są w wieku szkolnym ale samego tamtejszego życia nie ma raczej pokazanego. Samo anime natomiast mnie się bardzo podobało, szczególnie końcówka.
Możesz spróbować coś z filmów Shinkai Makoto - bohaterowie wielu z nich to właśnie młodzież szkolna.