Jesteś pewien, że te pliki mają 6 kanałów? FLAC może mieć do 8 kanałów (7.1), wiem, bo dekoder pisałem.
Jak ma dwa, to pójdzie ci na dwa kanały (lewy przód i prawy przód), bo reszta jest pusta, chyba, że dasz mikser w odtwarzaczu/sterowniku, żeby zduplikował kanały na resztę.